Pfarrer, 13 Nisan 1957'de Boston, Massachusetts'te, bir deniz subayı olan Charles Patrick Pfarrer, Jr. ve bir hemşire olan Joan Marie Pfarrer'in oğlu olarak doğdu. 1975'te Staunton Askeri Akademisi'nden mezun oldu ve Northridge'deki California Eyalet Üniversitesi'nde ve Birleşik Krallık'taki Bath Üniversitesi'nde Klinik Psikoloji okudu.
Pfarrer, Ekim 1980'de Birleşik Devletler Donanması'nda aktif göreve başladı ve 1981'de Newport, R.I.'de Subay Adayı Okulu'nu tamamladı. ABD Deniz Kuvvetleri'nde Teğmen olarak görev yaptıktan sonra Coronado Deniz Amfibi Üssü'nde Temel Sualtı Yıkımı/SEAL eğitimine (BUD/S) girdi. Altı aylık eğitimden sonra, Pfarrer Eylül 1981'de BUD/S sınıfı 114 ile mezun oldu. SEAL Taktik Eğitimi (STT) ve altı aylık deneme süresinin tamamlanmasının ardından, Özel Harp nişanını giymeye hak kazandı ve sonraki beş yılını geçireceği donanmaya Deniz Özel Harp Subayı olarak atandı.
İlk görevi Virginia, Little Creek Deniz Amfibi Üssü'ndeki YİRMİ BİR (UDT-21) Sualtı Yıkım Ekibiydi. Pfaffer birçok kez Orta Amerika'da askeri danışman olarak görev yaptı, Avrupa ve Akdeniz'de NATO güçlerini eğitti. Çok Uluslu Barış Gücü'ne atanan SEAL Müfreze Yardımcısı Komutanı olarak, 1983'te Beyrut'ta Deniz Kuvvetleri kışlasının bombalanmasına tanık oldu. Ekim 1985'te Pfarrer, Abu Abbas'ın ve yolcu gemisi Achille Lauro'nun korsanlarının yakalanmasından sorumlu SEAL Ekibi saldırı liderlerinden biriydi. Pfarrer, deniz hizmetini Haziran 1986'da Amerika Birleşik Devletleri Deniz Özel Harp Geliştirme Grubu'nda (DEVGRU) Taarruz Elemanı Komutanı olarak sonlandırdı.
Hâlâ Donanma'dayken, üniversitede yazdığı bir senaryosunu Hollywood'a sattı. Film çalışmaları arasında yer alan Navy SEALs, Darkman, Barb Wire ve Hard Target'ta yazarlık, oyunculuk ve yapımcı olarak katkıda bulundu. Pfarrer'ın diğer senaryo yazarlığı çalışmaları arasında The Jackal, Virus ve Red Planet gibi filmler de yer alıyor. Amerika Yazarlar Birliği'nin Batı şubesine üyedir.
Dark Horse Comics için altı grafik romanın yazarı ve yaratıcısıdır.
İlk romanı Killing Che, 2007'de yayımlandı.
Pfarrer'in denizcilik üzerine kurguladığı ikinci romanı, Nisan 2016'da United States Naval Institute Press tarafından yayımlandı. Bu roman, Edward Everett Hale'in aynı kısa öyküsü olan "The Man Without a Country" 'nin aynı isimle bir roman uyarlamasıydı. Amerikan Ordusu teğmeni Philip Nolan'ı anlatan uyarlama, Hale'nin hikayesini temel alarak, Nolan'ın askeri mahkemesini ve bir Amerikan gemisinde mahkum olarak hayatını anlatıyordu.
Pfarrer'in en çok satan otobiyografisi Warrior Soul, The Memoir of a Navy SEAL, 2003 yılında yayınlandı.
SEAL Target Geronimo: The Inside Story of the Mission to Kill Usame bin Ladin adlı kitabı 2011'de yayınlandı. Chuck Pfarrer bu romanında Bin Ladin'e yapılan baskın hükümetin açıklamalarından daha farklı gelişiyordu ve tartışmalara neden oldu.
The New York Times ve Knight Ridder sendikası için köşe yazıları da yazmıştır.