Bu kitapta, Charlie Gordon adında zeka seviyesi düşük bir adamın hikayesi anlatılır. Charlie, daha zeki olmak için bir ameliyat olur. Algernon isimli bir fare de aynı ameliyatı olmuştur. Başta her şey iyi gider, Charlie çok zeki olur, okur, yazar, öğrenir. Ama zamanla zekasının artması ona mutluluk getirmez. İnsanların aslında ona nasıl davrandığını, onunla alay ettiğini fark eder ve üzülür. Sonunda Algernon ölür ve Charlie’nin de zekası tekrar düşmeye başlar.
Kitap, zeki olmanın her zaman iyi bir şey olmadığını, insanın değerinin sadece zekasıyla ölçülmeyeceğini gösterir. Charlie en sonunda, Algernon’un mezarına çiçek koymalarını ister. Bu, hem fareye hem de kendi acıklı sonuna bir veda olur.