Köprülü, 1946'da VATAN gazetesinde üniversitelerin bağımsızlığı üzerine dört mektup yayınlamış. "Dünyaya kendini ispat etmiş adamlar getireceksin. Onları kürsülerin başına koyacaksın ve yozlaşmaya izin vermeyeceksin. Politikanın etkisi olmayacak" yazmış ama politika konusunda Atatürk'le anlaşamamışlar. Atatürk, "Biz Cumhuriyet'i yeni kurduk, Cumhuriyet'e sadık adam lazım" demiş. Köprülü de "Bu bilimi ilgilendirmez. Sağlam bilim adamı bulacaksın" demiş. Ve tabi köprülü haklı çıktı. Bu günde bunu yapmalıyız.