İslam hakkında Gökalp, dinin tamamlayıcı yönleri olarak kabul edilmiş -özellikle İslami toplum örgütlenmesinin esasına ilişkin hükümler- ayrıntıların bir kaçının gerçekte "saf' İslamla hiçbir ilgisi olmayan Arap kültürünün tezahürleri olduğunu belirtir.
İç tutarlılığı olan sistemler, net modeller ve ayrıntılı tasanlar böylelikle 1890'lı yıllar neslinin zihinlerinde büyük bir önem kazandı. Bu yüzden, Jön Türklerin ilk protestolarının, içinde yer aldıkları eğitim sistemine tutarlılık yoksunu gözüyle bakmalarına atfedilmiş olması şaşırtıcı değildir.
1890'lar nesli, kitaplarda tasvir edildiği şekliyle hayatı, hayatın bizatihi kendisinden daha gerçekmiş gibi düşünüyorlardı.
Yeni sistemde, tüm sınıflara dağıtılan kitaplar, bilginin temeliydi; onlar, öğrenim için referans noktaları oldular...
...değişim, ilk başta Batı pozitif biliminin verisi olarak başladı. Bunun ışığında, entellektüel ufuklarını geliştirmede geride kalan ulema giderek artan bir ölçüde, kadim bilgeliğin hazineleri olmaktan çok, cahil şarlatanlar olarak görülür oldu. Bu, öğrencileri, dinle açıktan açığa karşı karşıya getiren unsurlardan biriydi.
Geleneksel sistemde bilgi, sınırlı bir şeydi: İslami bilginin temel ilkeleri ilk ve son olarak belirlenmişti. Bu bilgi fonu, bir lonca teşekkülü gibi, bilinen tekniklerin üstünlüğü sayesinde yayılıyordu. Yeni bilgi -coğrafya, fizik, kimya, biyoloji- malumat sahibi olmak için yakından izlenmesi gereken, kendi hızıyla birlikte genişleyen bir bünyeydi. Kullanımına yönelik teknikler sürekli değişiyordu. Böylelikle değişim, ilk başta Batı pozitif biliminin verisi olarak başladı. Bunun ışığında, entellektüel ufuklarını geliştirmede geride kalan ulema giderek artan bir ölçüde, kadim bilgeliğin hazineleri olmaktan çok, cahil şarlatanlar olarak görülür oldu. Bu, öğrencileri, dinle açıktan açığa karşı karşıya getiren unsurlardan biriydi. Gelecekte değişime duyulan ihtiyaca ve dinin ilerleme önünde bir engel oluşturduğu görüşüne yapılan atıflar Atatürk'ün yazılarında yer alan ana tema (leitmotif) olacaktır.