Doktor Bahattin Şakir ya da yakın arkadaşlarının deyişiyle “Baha Bey”, İttihat ve Terakki Cemiyeti’nin en önemli liderlerindendir. İttihat ve Terakki içindeki ünlü “doktorlar grubu”nun (Doktor Nâzım, Doktor Bahattin Ş akir, Doktor Rusuhi) üç önemli ismindendir. Cemiyetin Türkçü-Turanc ı kanad ı ndand ı r. Bir ideolog olmaktan çok, örgütçü kimliğiyle öne çıkmıştır. İ ttihat ve Terakki’nin kâtibi mesullerindendir. Kâtibi mesul, cemiyetin en önemli görevlerindendir, en güvenilir kişiler arasından seçilir. Tarık Zafer Tunaya, Katibi Mesulleri “ İttihatçılığın taşıyıcıları ” ve “Cemiyet’in enerji kaynağı ” olarak niteler. Devrimden sonra ne mebus ne de nazır olmuştur. Sürekli olarak cemiyetin iç örgütünde çalışmıştır. Teşkilat ı Mahsusa’nın kurucularından ve siyasi bölüm şefidir.
Hüseyin Cahit Yalçın, “Onunla tanıştıkça zihnimdeki ‘jacobin’ kavramına maddi bir sima verebiliyordum” der. “Jakoben” deyince Bahattin Şakir’in yüzü akla gelir.
Geçmişi olmayanın geleceği de olamaz.
Mahkûmlardan oluşan taburların “Ermenileri katletmek için” kurulduğu da doğru değildir. Mahkûmların askere alınmasıyla ilgili ilk kanun 1913 yılında çıkarılmıştır. Yasanın adı , “Dar-ül harbe gidecek eş has hakk ı ndaki takibat ve mücazatın teciline dair kanun ı muvakkat”tır. Bu birlikler ilk kez Balkan Savaşı’nda denenmiştir. Kaldı ki, İkinci Dünya Savaşı’nda Sovyetler Birliği’nde olduğu gibi, Hitler ordularına karşı vatan savunması yapan çok sayıda ülke de, ihtiyaç duyulduğunda mahkûmlardan oluşan askerî birlikler kullanılmıştır.
Bahattin Şakir’i Bahattin Şakir yapan, Doktor Nâzım’dır.
Eşref Kuşçubaşı , Teşkilat ı Mahsusa’dan “Enver’in emrinde bir kurul” diye söz etmektedir.
Bahattin Şakir ve arkadaşları Erzurum’a gelirlerken, yol kavşaklarına “Turan’a buradan gidilir!” diye işaret levhaları koyuyorlardı.
“Eski cemiyetin dağılmasına sebep, Ahmet Rıza Bey değil, Murad Bey’lerin, Sükuti’lerin, Abdullah Cevdet edepsizlerinin paraya tama’ı ve ahlaksızlıkları sebep olmuştur.
Kendiside cemiyet üyesi olan Galip Vardar, anılarında, İttihat ve Terakki’nin ilk çekirdeğinin İstanbul’da Tıbbıyei Askeriye’de kurulduğu iddiasına karşı çıkar. “ İttihat ve Terakki’nin hakiki bünyesi Makedonya’da kurulmuş , en mühim şahsiyetleri burada ortaya çıkmış , cemiyete hedefini tayin etmek kudreti burada bulunmuş , İttihat ve Terakki ancak burada mana kazanmıştır” der. Prof. Dr. Sina Akşin de bu düşüncededir.