Özellikle, 16. yüzyıldan itibaren eğitim sistemini belirleyen temel yapılar Gazali felsefesinin belirleyiciliği altında dinî inançlar, değerler ve dinî düşünüş biçimleri ile şekillenmiştir.[3] Eğitimde doğmalar hâkim olurken, yeni buluşlar yapan ya da düşünce üreten kişiler “dinsizlikle” suçlanarak cezalandırılmışlardır.[4] Bu dönemde eğitimin temel yapısını, siyasal, hukuksal ve sosyal alanda da hâkim olan din temelli meşruiyetler ve kurallar belirlemiştir. Eğitim konuları temel olarak, dinî bilgilerin öğretilmesi ve ilerleyen süreçte sadece ezberletilmesinin ötesine geçememiştir (Başgöz,1968) ... Tüm bu manzaranın uzantısında dönemin ideal eğitim anlayışını "Kimseye karışmayan, az konuşan, gülmeyen, eğlenmeyen, zevksiz, çok korkan, dünyaya heves duymayan insan yetiştirmek” (Sakaoğlu,2003:32) biçiminde özetlemek mümkündür.
3: "... Gazali felsefesinde bilimsel erkinliklerin yalnızca 'dinsel bilimler' ile sınırlandırılmasına yol açmış, felsefe, astronomi, tıp, matematik gibi -Fatih döneminde medreselerde okutulan- bilimler medrese programlarından çıkartılmıştır." (Yamaner, 1999:34). Gazali felsefesinde eğicim ve öğretimin temel özelliği şöyle aktarılmıştır: "Eğitim ve Öğretim öteki dünya eğilimlidir; İslami çerçeve içinde toplumsallaşmayı amaçlamaktadır; bilgi Tanrı tarafından indirilmiştir ve tartışılmaz; bilgi Tanrısal bir emir nedeniyle kazanılır; kural ve varsayımları sorgulamak hoş karşılanmaz; öğretim tarzı temelde otoriterdir; ezber son derece önemlidir öğrencinin kafa yapısı pasif alıcıdır." (Yamaner, 1999:34) (s.262)
4: Örneğin, halk arasında ve mahalle mekteplerinde denk sularının tuzlu olma nedeni, “Kahır suları toplandığı için deniz suyu acıdır." şeklinde yapılırken, Fatih ve Süleymaniye medreselerinde “Eğer denizler tatlı olsaydı sular kokuşur, ortalığı pis kokular kaplar herkes hasta olurdu. Bu yüzden Tanrı denizleri tuzlu yaramıştır." (Sakaoğlu ,2003:22) şeklinde açıklanmıştır Benzer şeklide, bir fetvada vebanın "cin çarpması’" olduğu şeklinde yapılan açıklama, bu dönemde karşılaşılan problemlerin çözümünde araştırma ve inceleme yollarının kapalı, metafiziksel açıklama yollarının açık olduğunu göstermiştir. Bir diğer fetvada da. 1577’de Takiyüddin İhtı Maruf tarafından kurulan rasathane, “Rasat yapmaya kalkmak uğursuzluk getirir. Küstahçasına göklerin gizemini keşfetmeye çalışmak felâket getirir. Hangi ülkede buna girişildi ise, orası mamur iken harap olmuştur," denilerek yıktırılmıştır (Başgöz, 1968:24).