İslam felsefecileri, Kur’an’ın akılla uyumu söz konusu olduğunda ''Akıl ile vahiy uyumlu mudur?'' düşüncesini fazla incelemeye kalkmadan ''Akıl ve vahiy uyumludur'' ön kabulünden yola çıkarak incelemelerini yapmışlardır. Zira düşünürlerin Kur’an’ı sorgulama yöntemi ''onun çelişki taşıyıp taşımadığına'' yönelik değil; '' onun nasıl çelişkisiz hale getirilebileceğine'' yöneliktir.
İslam felsefecilerin en iyi yaptığı iş Kur’an’ı bilime uydurma çabalarıdır. Kur’an’dan çıkarılan mucizelerin temel prensibi şu şekilde işler: Uzun çaba ve uğraşlar sonucunda, deneyler ve gözlemlerin ışığında bilimde bir paradigma değişikliği olur. Bu paradigma değişikliği sonunda elde edilen yeni teoriler, evreni anlamamızda daha fazla yarar sağlamaktadır. (Örneğin Darwin'in evrim teorisi, Lamarck'ın evrim teorisinden daha açıklayıcı etkiye sahiptir veya Einstein'in İzafiyet Teorisi, Newton fiziğinden daha açıklayıcı sonuçlar vermektedir.) Her şey güllük gülistanlık işlerken dindar bir kimse çıkar ve ''Bu bilgi zaten 1400 yıl önce kutsal kitabımızda yazıyordu'' iddiasını bütün benliği ile savunmaya başlar. Bilim adamları bir şey keşfeder, yeni bir icat ortaya koyar, bir teori geliştirir ve bunun sonucunda karşılaştığı şey Müslüman'ın ''e, bu zaten Kur'an'da yazıyordu'' cümlesidir. Şimdi sorumuz şu: Neden bir bilimsel buluş keşfedilmeden önce hiçbir Müslüman tarafından o bilimsel buluşun gerekliliği savunulmuyor da bilimsel buluş keşfedildikten sonra ''Bu zaten yazıyordu'' deniliyor?
Aslında bu çaba, bilimsel gelişmeler karşısındaki ezikliğin bir sonucudur. Bu bir özgüven sorunudur.
Peki İslam dünyası neden böyle savunmacı bir harekete gerek duydu? Çünkü ortada büyük bir kasırga vardı. Bu kasırga önüne aldığı her şeyi alıp sürükleyen, eskiye ait bütün inançları ve değerleri parçalayan Batı’dan gelen modern uygarlık kasırgasıdır. Batı’dan gelen bu büyük uygarlık kasırgası karşısında bütün dinlerde ve inançlarda olduğu gibi İslam’ın varlığı da tehdit altına girmiştir. İslam düşünürleri Batı’dan gelen modern uygarlık kasırgası karşısında İslam’ı kurtarma ve varlığını devam ettirme adına kutsal saydıkları Kur’an metnini bu kasırgaya karşı savunma ihtiyacı hissetmişlerdir. Batı’dan gelen çağdaş düşüncenin, özgür aklın ve bilimin yol açtığı bu büyük kasırga karşısında İslam’ı kurtarma adına mücadeleye girenler, panik altında, özgüvenini yitirmiş ve ezik bir şekilde ne kurtarırsak kardır diyerek ne olup bittiğini anlamadan savunmaya geçtiler. Batı’dan gelen özgür aklın, çağdaş düşüncenin ve bilimin yol açtığı bu kasırgadan inançlarını kurtarma adına telaşa düşen İslamcılar, bilimin ilerlediğini, teknolojinin çok hızla geliştiğini biliyorlardı. Ancak bu ilerlemenin ve bu gelişmenin geri planındaki bilinç yapısını yani bilimsel ahlakı hiçbir zaman çözemediler. Dolayısıyla İslam’ı kurtarma adına yaptıkları savunma aslında, İslam’ı kurtarma değil, çöküşü daha da hızlandırmaktadır.