İran'ın uzun zamandır Hizbullah'a verdiği destekle birlikte İsrail'e karşı beslediği aşırı düşmanlık hisleri, aralarında Filistin Halk Kurtuluş Cephesi - Genel Kumandanlığı, Hamas ve Filistin İslami Cihad örgütünün de bulunduğu (Sünni) Filistin militan gruplarla ilişkilerin geliştirilmesine yol açtı. Ortak ideolojik görüşler operasyonel bağlantı ve ittifakları kolaylaştırdıkça, bu gruplar, Hizbullah ve İran arasındaki bağlantılar sonraki on beş yıl içerisinde istikrarlı bir şekilde arttı. Bazı raporlar İran'ın örgütlere verdiği desteğin 100 milyon dolar gibi yüksek bir meblağ olduğunu tahmin etmektedir. Ne var ki Filistinli militanlar bu iddiaların doğru olmadığını söyleyerek İran'ın verdiği desteğin sa dece insani yardım olduğunu ve çok daha az miktarlar içerdiğini bildirmektedirler. Tahran'ın bu gruplara verdiği destek, İran savaşı esnasında Fatah hareketi Irak ile bütünleşen ve Tahran'ı yeren Madrid barış sürecine katılımıyla İran'ı dünyaya daha da yabancılaştıran Filistin Lideri Yaser Arafat'a uzun zamandır duyduğu antipatiyi tamamlamıştır. İran, İsrail'e karşı tutumu, ve Hizbullah ve Filistin militanlarına verdiği destekle ilgili ABD'nin yaptığı eleştirileri kabul etmemektedir; resmi gerekçeleri, terörist faaliyetler ve Tahran'ın işgale karşı meşru direniş olarak tanımladığı faaliyetler arasında ayırım yapmaktadır. Bu çelişkili durum İran'ın, Filistin ile İsrail arasında olası bir barış anlaşmasına onay vereceği yönünde ikna edilebileceğine dair nadir görülebilecek bir delil ortaya koymuştur. Dış İşleri Bakanlığı Ekim 2002'de İran'ın iki-devletli çözüme engel olmayacağını ve Veliaht Prens Abdullah'ın barış planını kabul ettiğini en azından Suudi Arabistan ile olan resmi diyalogu sırasında- bildirmiştir.