İstanbul'un nüfusu, Osmanlı fethinden önce otuz-kırk bin dolaylarına düşmüştü. Fetihten sonra Fatih, İslam hukukuna göre askerlerinin kenti yağmalamasını, gönüllü teslim olmadığı için, engelleyememiş; ancak gelecekteki başkentini olabildiğince az zarar görmüş durumda ele geçirmek istemiştir. Fethi izleyen yıllarda da İstanbul'u dünyanın en büyük başkentlerinden biri durumuna getirecek adımları attı.
Önce, başka yerlere kaçıp sığınanları, mülklerini geri verme vaadi ve ibadet ve çalışma özgürlüğü güvencesiyle geri gelmeye ikna etmeye çalışmıştır. Ganimet payı olarak kendine düşen tutsakları özgür bırakıp Fener mahallesine yerleştirmiş, bir ara vergiden bağışık tutmuştur. İkinci olarak, eyalet valilerine, Rumeli ve Anadolu'dan İstanbul'da yerleşmeleri için dört bin aile göndermelerini emretmiş, İstanbul'daki boş evleri bu yeni gelenlere bağışlayacağını ilan etmiştir. Bunların Müslüman olmalan gerekmiyordu, ama hiç olmazsa bir bölümü zengin kişiler, tüccar ya da zanaatkar olmalıydılar. Bu buyruklar hiçbir zaman tümüyle uygulanamadı. O zaman Fatih, fethettiği önemli kentlerden tüccar, zanaatkar ve zengin kişiler seçip İstanbul'a getirtti ve bu şekilde Amasra (1459), Yeni-Foça (1460), Trabzon (1461), Mora'da Korintos ve Argos (1458 ve 1463), Karaman (1470'ler), Eğriboz (1473) ve Kefe (1475) Hıristiyanlarını sürerek İstanbul'un çeşitli semtlerine yerleştirdi. Dönemin tanıklarından J. M. Angiolello'ya göre, "yeni gelenler kısa bir zamanda olağanüstü güzel ev ve kiliseler yapmıştır". Kente zorla sürgün olarak getirilip yerleştirilenler ayrılıp gidemezlerdi, ama birtakım vergi ve angaryalardan muaf tutuluyorlardı.
Fatih Sultan Mehmet, Rum Ortodoks, Ermeni ve Yahudi topluluklarının dinsel önderlerini resmen tanıyarak ve istanbul'a yerleştirerek şehri evrensel bir metropol yapmaya çalışmıştır.