Vakıf sistemi İstabul'da ve öbür şehirlerde külliyeler, kültürel ve ticari merkezler yaratmıştır. Her önemli Osmanlı kentinde merkezi bir ulu cami ve bedesten olurdu. Ayasofya tstanbul'un ulu camii olduğu zamanlarda, Fatih Sultan Mehmet, cami vakfına ait olmak üzere bir bedesten yapılmasını emretmiştir. Yangın ve yağmaya dirençli taş kubbeleri ve demir kapılarıyla bedesten, yalnız değerli ticari mallan değil, yetimlerin paralarını ve kent zenginlerinin para ve mücevherlerini de korumaya yarayan anıtsal bir yapı bir çeşit banka hizmetini görürdü. Kapıcıları, gece bekçileri ve simsarları devlet denetimi altındaydı. Esnafa ait dükkanlar bedestenin etrafında sokaklar boyunca karşılıklı dizilmiş olup, her dükkan grubu tek bir çarşı oluşturur ve aynı meslek üyelerince ya da aynı tür mal satan tüccarlarca tutulurdu. Bu çarşılar genellikle, İstanbul'daki Büyük (Kapalı) Çarşı'da olduğu gibi, zamanla taş kubbelerle örtülmüştür.
Fatih Sultan Mehmet'in bedesteninde mahzenli 118 dükkan vardı; çevredeki çarşıda da 948 dükkan yapılmıştır. Bu, tstanbul'un bugün Kapalıçarşı olarak bilinen ana iş merkezi olacaktır. Büyük tüccarın bir araya gelebileceği, değerli malların saklandığı ve satıldığı bir bedesten inşası, Osmanlı kentlerinin gelişmesinde önemli bir rol oynamıştır. Orhan Gazi daha 1340'ta Bursa'da, bugüne kadar kentin ticari merkezi olarak kalan bir bedesten ve çarşı yaptırtmıştı. Balkanlar'da Edime, Tatar Pazarcığı, Filibe, Saraybosna, Sofya, üsküp, Manastır, Serez ve Se lanik gibi büyük Osmanlı kentlerinde alışveriş merkezleri bedestenler çevresinde gelişmiştir. Evliya Çelebi, 17. yüzyılda Osmanlı kentlerini, bedestenli olanlar ve olmayanlar diye iki kategoriye ayınr.
Fatih Sultan Mehmet 1459'da imparatorluğun önde gelen kişilerini, vezirleri toplamış ve her birinden kentin istedikleri herhangi bir yerinde birer imaret yaptırmalarını istemiştir. Vezir-i azam Mahmut Paşa, sonra da öteki vezirler kentin merkezinde ve Haliç çevresinde güzel imaretler yaptırmışlardır. Bağışı yapanın adını taşıyan caminin çevresinde kamu yararına vakfedilmiş yapılar yükselir, kısa bir zaman sonra da insanlar bu imaretlerin yakınında yerleşir, yeni semtler kuru lurdu. İstanbul kendine özgü Osmanlı-Türk görünümünü böyle kazanmıştır.
Fatih Sultan Mehmet, 1463 ile 1470 arasında bir ulu cami, onun çevresinde sekiz medrese, bir çocuk okulu, bir kütüphane, bir hastahane, iki yolcu hanı ve bir ziyafethane yaptırmıştır. Bu kamu kurumlarını ayakta tutmak için de cami dolayında 318 dükkanlık büyük bir çarşı yaptırmıştır. Medreselerde altı yüz öğrenci okuyor, hanlarda her gün 160 yolcu kalıyordu. Yolcular, öğrenciler, vakıfta çalışanlar ve semt yoksulları, vakfa ait mutfaklardan beslenirdi. Bir müdürle yardım cısının yönettiği hastahanede iki doktor, bir göz uzmanı, bir cerrah ve bir eczacı çalışırdı. Yemeği iki hastahane aşçısı, doktor gözetimi altında hazırlardı; vakfiyenin hastalara şefkatli davranmalarını emrettiği iki de hizmetçi vardı. Hastahane, evlerine doktor çağıramayan ya da ilaç satın alamayan hastalan kabul ederdi. Daha sonra, biri kadınlar öteki de gayrimüslimler için, iki hastahane daha yapılmıştır. Doktor, yoksul hastaları haftada bir kez evlerinde görür, ilaç dağıtırdı. Hastahanenin yaklaşık beş altın düka tutarındaki günlük masraflarının tümü, vakfın geliriyle karşılanmakta idi.
Fatih Sultan Mehmet, İstanbul'da başka imaretler de yaptırmıştır. Bursa ve öteki Anadolu kentlerinden gelen halk, gelişerek büyük ve ayrı bir kasaba haline gelen ve vakıfları dokuz cami ve onlara bağlı kurumlar içeren Eyüp'te, kent surlarının dışındaki vakfının çevresinde yerleştiler. Fatih bu kurumların masraflarını karşılamak için İstanbul'da çarşılar (bedesten ve çevresindekilerden başka Galata'da 260, İstanbul'da ise 783 dükkan), on üç hamam, birkaç boyahane, fırınlar, depolar, kandil yapımevleri, yağhane ve elli dört değirmen yaptırmıştır. Geliri Ayasofya Camiinin bakımına ayrılmış vakıflar, yılda on üç bin altın dükalık bir gelir getiriyordu.