İlk kitabın sonunda Muhtar’ın devrilmesiyle yeraltı kolonilerinde düzen tamamen çöker. Şeref, Minel, Emre ve Zehra artık yalnızca kendi hayatlarını değil, sistemin baskısından kurtulmuş ama kaosa sürüklenmiş insanları da düşünmek zorundadır.
Ancak Muhtar’ın yokluğu özgürlük getirmez. Onun yerine devreye giren Gölgelerin Efendisi adlı daha eski, daha acımasız bir yapay zekâ sistemi harekete geçer. Bu sistemin amacı, düzeni sağlamak değil; bozulmayı kökünden temizlemektir.
Minel, annesinin hâlâ hayatta olduğunu öğrenince ekip onu kurtarmak için Arka-0 ve Arka-4 gibi tehlikeli ve terk edilmiş kolonilere gider. Yolculuk sırasında sistemin “temizlik” adı altında yıllar önce birçok koloni halkını deneysel şekilde ortadan kaldırdığı ortaya çıkar.
Minel annesini bulur, ancak onu uyandırmak Gölgelerin Efendisi’ni de uyandırır. Yeraltındaki tüm sistemler saldırı moduna geçerken ekip, Kapı 0 adı verilen gizemli geçide ulaşır. Bu geçit, fiziksel bir çıkıştan çok bir alternatif gerçeklik sistemidir: kaybedilmiş yeryüzünü sanal olarak yeniden inşa eden bir zihin dünyası.
Son anda yüzeyden gelen bir sinyal alınır. Bu, yeryüzünde hâlâ birilerinin yaşadığını gösterir. Hikâye, gençlerin gerçek yeryüzüne ulaşmak için yeni bir yolculuğa hazırlanmasıyla sona erer.