Peynir, biyolojik açıdan bakıldığında, bir mikrobiyom veya bir mikroplar topluluğudur. Doğada peynire en yakın mikrobiyom toprağın içindedir. Toprak da tıpkı peynir gibi mantarlarla, bakterilerle, ölü maddeleri ve birbirlerini yiyerek beslenen mikroplarla doludur.