Beşiktaşî ve Molla Şehzade lakapları ile de anılan Yahya Efendi, şamlı Ömer Efendi'nin oğludur. Aslen Amasyalıdır. Şehzade Süleyman gibi, o da Trabzon'da ve Şehzade Süleyman ile birlikte aynı hafta dünyaya gelmişti (900/1495). Ancak Şehzade Süleyman'ın annesi Hafsa Sultan'ın sütü kesildiğinden, küçük Süleyman'ı bir müddet küçük Yahya'nın annesi emzirmişti. Böylece, ileride biri cihan biri gönül padişahı olacak bu iki insan, sütkardeşi oldular.
Şehzade Süleyman, Trabzon'dan başlayarak kademe kademe devlet umuru için hazırlandığı gibi, sütkardeşi Yahya Efendi de ilimde yetişti. Daha kendini bildiği yaşlardan başlayarak, riyazet ve mücahade ile nefsine muhalefet etti. Büyük âlim Zembilli Ali Efendi'nin sohbetlerine devam etti. Zembilli'nin dünyasını değiştirmesinden sonra müderris oldu.