Humboldt, ne yana baksa yeni ve heyecan verici teorilerle karşılaşıyordu. Jardin des Plantes'teki doğa tarihi müzesinde doğa bilimci Georges Cuvier ve Jean-Baptiste Lamarck'la tanıştı. Cuvier, fosil kemikleri inceleyerek ve onların var olan hayvanlara ait olmadıkları sonucuna vararak tartışmalı soy tükenmesi kavramını bilimsel gerçekliğe dönüştürmüştü ve Lamarck yakın geçmişte evrimsel fikirlere yol veren türlerin kademeli başkalaşımı teorisini geliştirmişti. Meşur astronom ve matematikçi Pierre-Simon Laplace, Humboldt'un kendi düşüncelerini biçimlendirmesine yardımcı olan dünya ve evrenin oluşu hakkında fikirler üzerine çalışıyordu. Paris'teki bilginler bilimsel düşüncenin sınırlarını zorluyordu.
1804 Haziran'ının sonlarında Humboldt, Fransız firkateyni Favorite ile Birleşik Devletler'den ayrıldı ve ağustosta, otuz beşinci yaş gününden birkaç hafta önce, kahraman gibi karşılandığı Paris'e ulaştı. Beş yıldan fazla bir süredir uzaktaydı ve düzinelerce defter, yüzlerce taslak ve binlerce astoronomik, jeolojik ve meteorolojik gözlemle geri döndü. Yaklaşık 60.000 bitki numunesi, neredeyse 2000'i Avrupalı botanikçiler için yeni olan 6000 tür getirmişti, on sekizinci yüzyılın sonunda neredeyse yaklaşık 6000 bilinen türün olduğu düşünüldüğünde bu şaşırtıcı bir sayıydı.