Seyyid Kutub da İhvân-ı Müslimîn'in yanında yer alır. Kısa bir süre sonra Cemal Abdünnâsır'a karşı düzenlenen başarısız bir sûikastten mes'ul tutularak diğer İhvân-ı Müslimîn üyeleriyle beraber tutuklanır. Hapishanede bütün İslâm dünyasında meşhur olan Fî Zilâli'l-Kur'ân adlı tefsirini tamamlar. On sene cezaevinde kaldıktan sonra 1964'te tahliye edilir. Hapisten çıkınca çok tartışılan eseri; «Yoldaki İşaretler»i yazar. Bu eserdeki görüşleri ve İhvân-ı Müslimîn'i tekrardan canlandırma faaliyetleri sebebiyle 1965 senesinde tekrar tutuklanır. Devlet başkanını öldürmeyi plânlama ithamıyla idama mahkûm edilir.
Seyyid Kutub; «İslâm'da Sosyal Adâlet», «Din Budur», «İslâm Düşüncesi», «İstikbal İslâm'ındır» başta olmak üzere birçok içtimâî ve dînî eser kaleme almıştır. Amelsiz îmânın olmayacağı ve zamâne müslümanlarının câhiliyye içinde olduğu istikametindeki görüşleri ve Fî Zilâli'l-Kur'ân eserindeki bazı tefsirleri sebebiyle İhvân-ı Müslimîn dâhil olmak üzere İslâm dünyasının çeşitli bölgelerinden tenkitler de almıştır. Bazı kimseler onun dinde reform düşüncesinde olduğunu iddia etmişse de kendisi hayatta iken bunu şöyle reddeder:
“Bazı müslümanların zannettiği gibi biz İslâm'ın bir reforma ihtiyacı olduğuna inanmıyoruz. Zira her şeyden evvel İslâm, kendi bünyesinde tam ve mükemmeldir. Bizim yapmamız gereken şey; eksik anlayışımıza, gaflet ve tembelliğimize bir çözüm bularak, din karşısındaki tavrımızı ve durumumuzu düzeltmektir. Bizim yeniden İslâmî hayat için hariçten getirilecek düsturlara ihtiyacımız yoktur. Biz asıl terk edilmiş değerlerimize sahip çıkıp onlara sarılmaya muhtacız.”
