Yusuf Akçura daha sonra serbest bırakılır. Bu sırada evlenir (1920). Millî Mücadeleye katılmak üzere 1920 yılının Mart'ından itibaren Anadolu'ya geçer ve Kâzım Karabekir'in yanında yüzbaşı olarak görev yapar.
Fakat Rus, İstanbul'u berbat, köhne ve çamur deryası bir şehir diye batırmaya başlayınca, benim de ayranım kabardı. İstanbul'dan hoşlanmaz isem de bir düşmanın bu Türk şehrini batırmasına hiç de tahammül edemedim. Âdeta kendisiyle kavga ettim.