Hristiyan dünyasında Batı ve Doğu Kiliseleri'nin ayrılmasıyla sular durulmadı. Bundan sonra Batı Kilisesi kendi içerisinde büyük tartışmalar yaşamaya başladı. 16. yüzyılın başlarına kadar bu tartışmalar devam etti. Katolik Kilisesi'nin, Orta Çağ'ın sonlarına doğru, putperestlik ve Yahudilikten birtakım ilkeleri Hristiyanlığa katmak istediği ileri sürülerek, Katolikliğe karşı zaten mevcut olan tepki bir kat daha arttı ve dinde yenileşme hareketi gündeme geldi. Kilise'yi eleştiren kimselere göre hâlen mevcut olan Hristiyanlık, Hz. İsa'nın tebliğ ettiği dinden çok farklıydı. Çünkü Papalık, Hristiyanlığın aslında olmayan birçok ilkeyi dine eklemişti. Rahiplerin günah bağışlamaları, para karşılığında cennetten yer alma uygulaması, vatandaşı halkı zorlayan birtakım ağır vergilerin konulması, İncil'i yalnız ruhban olanların okuyabileceği vb. anlayışlar hep Hz. İsa'nın dinine sonradan ilave edilmiş hususlardı. Bütün bu eleştiriler zaman zaman Kilise'ye yöneltildi, ancak herhangi bir düzelme görülmedi. Sonunda Almanya'da Martin Luther isimli Hristiyan teoloğu 1517 yılinda Wittenberg Kilisesi'nin kapısına astığı doksanbeş maddelik itirazi teziyle Katolik Kilisesi'ne isyan bayrağını açmış oldu. Martin Luther ile başlayıp Jean Calvin ve Aultrich Zwingli ile devam eden bu hareket, sonunda Protestanlık mezhebinin doğmasına sebep oldu. Böylece Hristiyan Kilisesi'nde ikinci büyük bölünme yaşanmış oldu.