Ekber Şah’ın veziri Ebu’l-Fazl Allâmî’nin (ö. 1011/1602) meclislerinde bulundu ve bir defasında onunla tartıştı.
Tartışmanın sebebi, Ebu’l-Fazl’ın filozofları çok övmesi idi. İmâm-ı Rabbânî ise, İmâm-ı Gazâlî’nin el-Munkızü mine’d-dalâl isimli eserinden naklen, filozofların ilimlerinin önceki peygamberlerin kitap ve sözlerinden aşırma olduğunu söyleyip vezire itiraz etti.