1221 yılında Cengiz Han esir olarak yanında götürdüğü zanaatkarlar dışında Gazne ahalisini toplu katliama tabi tuttu. Son olarak şehir 1326’da Çağatay Hanı Tarmaşirin’in ordusunu bozguna uğratan İran Moğolları tarafından yağmalandı. Bu yağmalama esnasında Sultan Mahmud’un türbesi yıkıldı, türbenin görevlileri de esir alındı. Burada bulunan yazma Kur’an-ı Kerimler ve diğer kitaplar yakıldı veya parçalandı.