Öğretmen örgütçülüğü, Baykurt’un yazarlık kimliğinin ikinci önemli temelini oluşturur. Öğretmen örgütlenmesi 1960’a kadar siyasal iktidarların ve gericilerin baskıları ve saldırılarıyla karşı karşıya kalmıştır. Bu saldırıları özellikle köy enstitülerini bitirip öğretmen olarak yaşama katılanlar göğüslemeye çalışmıştır. 1961 Anayası’nı 46. maddesinde yer alan kamu görevlilerinin sendika kurma hakkının, 8 Haziran 1965’te Devlet Personeli Sendikaları Kanununun çıkmasından sonra kullanılma fırsatının doğmasıyla 92 TÖDMF’li öğretmen tarafından Türkiye Öğretmenler Sendikası (TÖS) kurulur. TÖS’ün 92 kurucusundan birisi de Fakir Baykurt. İlk merkez yürütme kuruluna, ardından da genel başkanlığa seçilen Baykurt, bir yandan köy enstitüsü aydınlığını TÖS Genel Başkanlığı’yla bütünleştirerek eylemleriyle aydın ve öncü bir öğretmen kimliğini, bir yandan da aydınlıkçı ve gerçekçi bir yazar olarak yazıları ve yeni kitaplarıyla yazarlık kimliğini onurlu bir biçimde sürdürür.