Şeyh sonunda sultanın vicdanını etkilemeyi başardı. Bu ihtiyar din bilgininin biliminden de yararlanan Yıldırım Beyazıt (k.s), kendi yaşadığı hayat ile Kuran'da öngörülen arasındaki farkı sezince, yaptıklarından büyük pişmanlık duydu.
Bilindiği gibi, Hz. Muhammed (s.a.v) Dönemi Araplarının bayrak rengi güneşten esinlenerek sarı, Fatımilerinki topraktan esinlenerek yeşil, Emevilerinki gün rengi beyaz, Abbasilerinki gök rengi maviydi .
Hıristiyan manastırlarının anlattığı uydurma mucizelerin ve hatalı bilgilerin nasıl ölçüsüzce arttığını, cahil keşişlerin elinde İncil'in saf kurallarının nasıl bozulduğunu yakından bilen İslam Peygamberi Hz. Muhammed Mustafa
(s a.v), tehlikeyi önceden sezmişti. Ve bu konuda şu uyarıyı yapmıştı:
"İslamiyette ruhban sınıfı yoktur."