Misyonerlik faaliyetleri, doğrudan olmasa bile dolaylı olarak Ermeni meselesinin ve Ermeni isyanlarının ortaya çıkmasında büyük rol oynamıştır. Osmanlı İmparatorluğu’nun sadık tebaası olan Ermeniler bu faaliyetler sonucu ayrılıkçı fikirlere donatılarak isyana sürüklenmişlerdir.