Fiziki simyanın esas aygıtı, kimyasalları saflaştırmaya yarayan imbiktir. Kullanılan imbikler amaçlanan sonuca göre değişiklik gösterir. Bununla birlikte, damıtma, simyada kullanılan çok sayıda teknikten sadece biridir ve Magnum Opus adı verilen işlem esasen dört aşamadan oluşur: nigredo (kararana kadar yakma), albedo (saflaştırma), citrinitas (gümüşü altına çevirme) ve rubedo (felsefe taşını oluşturma). İlk aşama, kuru (ateşle, yakarak) ya da yaş yöntemle (kokuşma) uygulanır. Daha etraflı bir Magnum Opus versiyonu on iki aşamadan oluşur, sonuncu aşamaya "oranlama" adı verilir - altın elde etmek için civa gibi metallerle karıştırılan bir malzeme kullanılır.
Simyada başarı kesin değildir ve basit tarif gibi bir şey söz konusu değildir. Aksine, simyacılar obskürantizmden, sırlarını anlaması zor diyagramlarda saklamaktan hoşlanırlar. Bu elyazmalarının büyük bölümü hâlâ tam olarak anlaşılamamıştır.
Pers bilge Râzî'nin çok önemli simyacılık ve tıp risalelerinin yanı sıra Arap kimyager Câbir bin Hayyan'ın Kitab-al Kimya'sı (Kimya Alaşımları Kitabı) gibi eserler on ikinci yüzyılda Latinceye çevrilmişti. Bu tür eserler Ortaçağ boyunca ve Rönesans başlarında simyacılığın esas metinleri oldu.