908 yılında kızı Fatima'nın soyundan geldiği için Hz. Muhammed'in akrabası olduğu iddiasıyla birinci Fatimi halifesi olarak Ismaili Ubeydullah'ı tahta çıktı. 4.Fatimi halifesi halife el-Muiz 969 yılında Mısır'ı ele geçirerek Kahire şehrini yeni başkent olarak kurdu.
Böylece Ortadoğu'da ilk kez Abbasi yetkisini ismen bile tanımayan, üstelik kendi halifeliklerini ilan eden bağımsız ve güçlü bir hanedan başa geçti ve tüm İslam dünyasının liderliği konusunda
Abbasiler'e meydan okudu. Bunlar Sünni halifeliğinin kuramsal temelini
bile kabul etmiyorlardı. Fatimiler dini, askeri ve siyasi eylemlerinin yanı sıra, doğu ticaretini Basra Körfezi'nden Kızıldeniz'e taşıyarak Irak'ı zayıflatıp Mısır'ı güçlendirmek için başarılı bir ekonomik politika izlediler.
Fatimi Imparatorluğu Kuzey Afrika'nın tümünü, Bati Arabistan'ı, Mısır'ı, Suriye'yi ve Sicilya'yı içine alıyordu. Fatimi yanlısı bir general 1056-57'de Bağdat'ı ele geçirdi ve Fatimi halifesinin hükümdarlığı Abbasi başkentinin minberlerinden duyuruldu. Ancak bir yıl sonra halife Bağdat'dan kovuldu ve Fatimiler'in gücü zayıflamaya başladı.Bu çözülme sivil yönetimde başladı ve Kahire'de bir dizi askeri otokratın ortaya çıkmasıyla sonuçlandı. Fatimi halifelerinin artık güçleri tükendi ve emirlerin kuklaları haline geldiler ve zamanla mezhep yanlıların desteğinden de oldular. Sonunda rejimleri yıkıldı ve Mısır yeniden Sünni hakimiyetine girdi.
Hz. Ali ve Fatima'nın oğullan, torunları ve onların soyundan gelenler Şiiler arasında "Imamlar"olarak biliniyordu. Altıncı Fatimi imamı Cafer el-Sadık'ın, 765'te ölmesiyle taraftarları iki büyük gruba ayrılarak oğullan Ismail ile Musa'nın imamlık iddialarını desteklediler. Musa'yı destekleyenler, Hz. Ali'den sonra on ikinci kuşağa kadar Musa ile onun soyundan gelenleri, İslam dünyasının gerçek imamları olarak kabul ettiler. Musa çok belli olmayan bir
şekilde kayboldu ve ikinci imam olarak dönmesi hâlâ on beklenmektedir. Sünni Islam ile aralarında ufak farklar olan on iki İmamcıların öğretileri genelde iılımlıdır.
İsmail'i destekledikleri için İsmailiye olarak bilinen diğer grup, Emevi döneminin daha önceki Şiiliğinin aşırılıkçı öğretilerini miras alarak bunları değişen yeni durumlara uyarlamışlardı.
Felsefe iki büyük kısma taksim olunuyor:Nazarî ve amelî felsefe.Bazıları mantığı nazarî ilimler zümresine sokmaktadır.Diğer birtakımları ise bunun için hususî bir kısım ayırıyorlar.Üçüncü bir sınıf da mantığa felsefenin âleti ismini veriyorlar.Nazarî felsefenin başlıca üç kısmı vardır:İlahiyat,tabiiyat ve bu ikisinin arasında bulunan Riyaziyat.Riyaziyat şu kısımlara bölünmüştür:Hesap(aritmetik),hendese(geometri),hey’et(astronomi) ve musıkî.İşte Ortazaman Avrupası’nda quadrivium’u teşkil eden bilgiler bunlardır.
Ebû Hanife henüz hayatta iken Belh, Merv, Semerkant, Tirmiz, Buhara, Cûzcân, Faryâb ve Tâlekan gibi Türk yerleşim merkezlerinin kadıları veya din bilginleri onun öğrencileri arasından görevlendiriliyordu.
Timur’un torunu Uluğ Bey’in Semerkand’de kırk yıllık idaresi(1409-1449) pek çok yâdigârlar bırakmıştır.Duvarına “ilim tahsil etmek,erkek ve kadın her müslümana farzdır,hadisi yazılı olan Buharâ’daki medrese ile,Semerkand’daki medrese,bu cümledendir.