Samguk Yusa'nın Japonya'ya ilk kez ne zaman girdiği net değildir, ancak Choe Nam-son'un "Samguk Yusa Haeje" adlı kitabına göre Hideyoshi İstilası (l592-98) sırasında taşınan bir cilt, Kraliyet Kronolojik Tablolarının iki yaprağı ve metindeki birkaç yaprak eksik ve bazı harfler boş olarak Owari'deki Tokugawa ve Tokyo'daki Kanda ailelerine geçmiştir. Bu cilt 1904 yılında Tokyo İmparatorluk Üniversitesi Edebiyat Bölümü Tarih Serisi'nde araştırma materyali olarak yayımlanmıştır. Kanda nüshası Tokugawa şogunluğundaki bir tıp doktorunun evini simgeleyen Yoanin Kütüphanesi'nin mührünü taşımaktadır, çünkü bu nüsha Kore'de savaşan Japon generallerinden Ukida Hideiye tarafından, Hideyoshi Savaşı'ndan sonra Kore'den binlerce değerli kitabın da dahil olduğu ganimetlerle zaferle dönerken, doktorun karısının tekil hastalığını olağanüstü bir şekilde iyileştirmesine minnettarlık olarak doktora verilmiştir.