Isa Çelebi kardeşine karşı 1404-1405 yıllarında üç kez daha şansını denediyse de her seferinde yenildi. Sonunda Karamanoğlu'na iltica etti. Giderek güçlenen Mehmed Çelebiyle anlaşan Karamanoğlu, Isa'yı topraklarından çıkardı. Bir süre atalarının ilk yurdu Sultanönü'nde gizlenen bu serüvenci şehzade, 1406 da Eskişehir de hamamda yıkanıyorken Çelebi Mehmed'in adamlarınca yakalanıp boğuldu.