Berkyaruk'un ölümü üzerine, küçük yaşına rağmen babasının yerine geçen yeğeninin sultanlığını kabul etmeyen Muhammed Tapar, ordusuyla derhal Bağdat üzerine yürüdü, adına hutbe okuttu ve fazla bir güçlükle karşılaşmadan Büyük Selçuklu Devleti sultanlığını ele geçirdi (1105). Onun döneminde de, artık gelenekselleşmiş bulunan hanedân üyelerinin saltanat davasına kalkışarak büyük sultana isyanları veya bir bölgenin hakimiyeti için kendi aralarındaki mücadeleleri devam etti. Nitekim Böripars'ın oğlu Mengüpars, Tekiş'in oğullarıyla birlikte saltanat davasına kalkıştı. Bu isyan bastırıldı. Daha sonra Musul bölgesinin hakimiyeti için önce Emir Çavlı ile Çökürmüş, müteakiben Türkiye Selçukluları Sultanı |. Kılıç Arslan ile Çavlı arasında savaşlar oldu. I. Kılıç Arslan bu mücadeleyi kaybetti. Habur nehrinde boğuldu (13 Haziran 1107).
Gerek Bâtıniler ve gerekse Haçlılarla mücadele etmiş olan Sultan Muhammed Tapar, dağılma sürecine girmiş olan Büyük Selçuklu Devleti'nin parçalanmasını, bir süre için de olsa, geciktirmiştir. İlim ve ülkenin imarıyla da ilgilenme fırsatını bulan Sultan, nihayet tutulduğu amansız hastalıktan kurtulamayacağını anladığında, o sırada on üç yaşındaki oğlu Mahmud'u veliahd tayin etti. Muhammed Tapar, 18 Nisan 1113'de 38 yaşında iken vefat eti, İsfahan'da inşa ettirdiği Medrese avlusuna defnedildi. Tarihçiler onu güzel ahlaklı, cesur bir hükümdar olarak tanıtıyorlar.