Erzurum ve Sivas Kongrelerine iştirak ettikten sonra, saray tarafından Meclisi Mebusan seçiminin yapılması kabul edilince, Meclis'in toplantı yeri hakkında çıkan tartışmada, Mustafa Kemal'in Ankara teklifi yerine Rauf Bey, İstanbul'u savunmuş ve görüşü kabul edilmişti. 1920 Ocağı'nda, İngilizler, Misakı Milli'yi kabul eden Meclis'i basınca, Rauf tevkif edilmiş ve İngilizler tarafından Malta'ya sürdürülmüştü.