Kırgızlar Uygur Kağanlığı'nı ortadan kaldırdıktan sonra (840) nüfusta meydana gelen değişiklikler sonucunda, bölge etnik bakımdan Türk halklarının vatanı olmaktan çıkıp Moğolların vatanına dönüştü. Türk kabileler batıya göç etti; bundan sonraki birkaç yüzyılda bugün Moğolistan diye bildiğimiz bölge Moğolların ülkesi oldu. Kırgızlar daha kuzeydeki Yenisey Irmağını merkez alınca Ötüken Dağının önemi geçmişe gömüldü.
Türkistan'da Uygur seçkinleri iki küçük krallığı, Ganzu (840-1 028) ve Koço'yu (840-1209) ellerinde tutmayı başardılar. Bunlardan özellikle ikincisi, Uygur kültür mirasının daha sonraki halklara, özellikle de Moğollara aktarılmasında önemli bir rol oynadı.