Bağırsak florası ancak normal doğum sırasında bebeğin doğum kanalından çıkarken vajen florasını yutması ile oluşur. Bebeğin doğum sırasında bu temas ile aldığı bakteriler bağırsaklarına ulaşır ve orada çoğalarak bağırsak florası olgunlaşmaya başlar. Ancak sezeryan doğumlarda böyle bir doğal temas gerçekleşmediği için (her ne kadar bazı hastanelere ebe-hemşire bu teması el ile sağlamaya çalışsa da) bebekler eksik flora ile hayata başlamak zorunda kalıyor.
Daha flora kendisini toparlayamadan aşı, ilaç ve damlalarla yüklenen vücutta floranın olgunlaşması iyice gecikir. Oluşan bağırsak flora bozukluğu ile bebekler hastalıklara daha açık hale gelir. Pek çok hekimin bu bilgiyi göz ardı etmesi sonucu ülkemizde son yıllarda sezeryan sayılarının artmasına paralel olarak bu kadar önemli görevleri olan bağırsak florasının bozukluğu nedeniyle alerji, astım, egzama, nörodermatit, hiperaktivite, konsantrasyon bozukluğu, öğrenme güçlüğü gibi hastalıkların gelişmesinin bir tesadüf olamayacağı bir aşikardır.