Sultanlar Harem'i ihmal etmiyordu. Kubbet-üs sahra 1597'de Sultan 3. Mehmet 1603'te sultan 1. Ahmet ve 1617'de 1. Mustafa tarafından onarımdan gecirildi. Kutsal yerlerle ilgili sık sık fermanlar yayımlıyorlardı. Paşalar haremin düzeninin korunmasını ve ibadethanelerin her zaman temiz ve iyi durumda olmasını temel görevlerinden biri olarak görüyordu.