Babası Ziraat Bankası veznedarı Hüsnü Bey, annesi Kilis Kemaliye İlkokulu öğretmeni Lütfiye Hanım'dır. Kilis Kemaliye İlkokulu'ndan (1951) sonra, Kilis Ortaokulu'nu ve Kabataş Erkek Lisesi'ni (1957) bitirmiştir. Kabataş Erkek Lisesi'nden sonra Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'ni kazanmış, okurken bir yandan da Yeni Gün'de spor muhabirliği yapmıştır. 1962-1963 yılları arasında Yenigün Gazetesi'nde yazı işleri müdürlüğü de yapmıştır.
Paris Üniversitesi'nde anayasa hukuku ve siyaset bilimi dalında Modern Türkiye'de Siyasi Güçler başlıklı doktorasını yaptı. Fransa'da tanıştığı Bordo'lu Nicole (Nilgün Kışlalı) ile 1968 yılında evlenen Kışlalı'nın, bu evlilikten iki kızı (Altınay ve Dolunay) olmuştur.
Hacettepe Üniversitesi'nde siyaset sosyolojisi alanında öğretim üyeliğine başlamıştır. Askerlik dönüşü üniversiteye kabul edilmemiş, Siyasal Bilgiler Fakültesi'ne geçmiştir. 1972 yılında doçent olmuştur.
1971-1977 yılları arasında Yankı Dergisi'nde yazdığı yazılarla CHP Genel Başkanı Bülent Ecevit'in dikkatini çekmiş ve 1977 yılında CHP listesinden İzmir milletvekili seçilmiştir. 1978'de Bülent Ecevit hükümetinde kültür bakanı olarak görev yapmıştır. Kültür Bakanlığı'nca Ulusal Kültür dergisini yayımlatmıştır.
12 Eylül 1980 darbesi sonrasında Ankara Üniversitesi İletişim Fakültesi'nde siyaset bilimi dersleri vermeye başlayan Kışlalı, 1988'de profesörlüğe yükselmiştir. 1991 sonunda Cumhuriyet gazetesinde Haftaya Bakış başlığıyla köşe yazıları yazmaya başlayan Kışlalı, 1995 yılında Antalya yolunda birlikte geçirdikleri trafik kazasında eşini kaybetmiştir. 1997'de ikinci evliliğini Nilüfer Kışlalı'yla yapan Kışlalı'nın bu evlilikten üçüncü kızı (Nilhan Nur) dünyaya gelmiştir.
Ahmet Taner Kışlalı, 21 Ekim 1999 günü, saat 09.40'da Ankara'da evinin önünde uğradığı bombalı saldırı sonucu hayatını kaybetmiştir. Akit gazetesi suikastten önce hakkında bir haber yapmış ve Kışlalı'nın üzerine çarpı atılmış fotoğrafını manşetten vermişti.
Ahmet Taner Kışlalı, 21 Ekim 1999 günü saat 09:40'da Cumhuriyet gazetesine yazdığı son yazısını faksladıktan yaklaşık 19 dakika sonra evinden çıktı. 06 GK 377 plakalı aracına yönelen Kışlalı, arabasının üstüne silecek ile kaput arasına konulmuş poşete sarılı paketi alıp sol eliyle kapıyı açtığı sırada büyük bir patlama meydana geldi. Sol kolu kopan Kışlalı site bekçisi Arif Emirhan Kılıç tarafından Bayındır Hastanesi'ne götürüldü. Saat 10:02'de kalp koroner atışı durmuş, nabzı hızlanmış ve bilinci kapanmış bir şekilde Tıp Fakültesi Hastanesi'ne getirildi. Operatör Dr. Hasan Karakış tarafından yapılan muayene sonrası öldüğü tespit edildi. Ölüm raporu yine Hasan Karakış tarafından hazırlandı ve Dr. Ersin Kaya tarafından basın açıklamasıyla bildirildi. Mezarı Ankara'da Karşıyaka Mezarlığı'ndadır.
Ölümünden sonra 1999 Sertel Demokrasi Ödülü'ne layık görülmüştür.
Ünvan:
Türk Siyaset Bilimci, Siyasetçi (eski Bakan), Yazar ve Öğretim Üyesi.