Filiz Nayır Deniztekin 1954’te İstanbul’da doğdu. Saint Benoit Lisesini bitirdi, üniversite öğrenimini İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Fransız Dili ve Edebiyatı bölümünde tamamladı.
1980’de Varlık Yayınları’nda çalışmaya başladı, 1981’de Yaşar Nabi Nayır’ın vefatından sonra dergi ve yayınevinin yönetimini üstlendi.
1982’de Osman Deniztekin’le evliliğinden Ece adında bir kızı oldu. Aynı zamanda ortağı olan Osman Deniztekin’le 2014 yılında vefatına kadar birlikte çalıştı.
Editörlüğün yanı sıra çevirmenlik de yapan Filiz Nayır Deniztekin halen Varlık Yayınları’nın yönetim kurulu başkanıdır.