Mustafa İslamoğlu, ilk Arapça ve temel dinî eğitimini babası Ahmet İslamoğlu'ndan aldı. Kayseri Yüksek İslâm Enstitüsü'nde başladığı yüksek öğrenimine Kahire'de El-Ezher Üniversitesi İslam hukuku fakültesinde devam etti. Ancak El-Ezher'deki eğitimini tamamlamadan bıraktı.
Yazı hayatına edebiyatla başladı. İlk makaleleri 1980'de Millî Gazete'de, 1982-83 yılları arasında Yeni Devir gazetesinde yayımlandı. Anadolu'da Vakit, Selam, Ribat, Yeni Şafak, Meydan, Özgün Duruş gibi gazete ve dergilerde makaleleleri, Mavera, Aylık Dergi ve Dergâh gibi dergilerde de edebî eserleri yayımlandı.
Mustafa İslamoğlu'nun şiirlerinden oluşan ilk kitabı Heyelan, 1987 yılında Aylık Dergi Yayınları tarafından yayımlandı. 1989 yılında İslâmî hareket önderleriyle yaptığı sohbetleri Öncülerle Konuşmalar başlığı altında kitaplaştırıldı.
Bu dönemde Mısırlı yazar Safinaz Kâzım'ın Fî Mez'eleti's-Sufur vel Hicâb başlıklı eserini Kadının Özgürlüğü başlığıyla Türkçe'ye tercüme etti. Anadolu İslâmî Hareketleri başlıklı dizisi 1991 ile 1993 yılları arasında yayımladı. Bu serinin ilk cildini Hasan Ali el-Beyyûmî ile birlikte Arapça'ya da tercüme etti.
1998 yılında Tefsiru-l-Kur'ân Te'vilu'l-Furkān başlıklı görüntülü ve sesli tefsir derslerine başladı, 200 ders olarak tamamlandı. Hayat Kitabı Kur'an başlığı verilen meâl çalışması da bu faaliyet ile eş zamanlı olarak tamamlandı. 2008 yılında başlayan Esmâ-ul Hüsnâ dersleri de 2012 yılında tamamlandı ve üç cilt olarak yayımlandı.
Yazar, 1997 yılında İnsan Hakları İzleme Örgütü'nün Helmann-Hammet Ödülü'ne layık görüldü.
Mustafa İslamoğlu, kendi kurduğu ve İslâmî İlimler Akademisi adını verdiği okulunda tefsir usûlü dersleri vermeye devam ediyor. Yazar, evli ve beş çocuk babasıdır.