Milli mücadele yıllarına gelindiğinde Fener Rum Patrikhanesi, Türk Ortodokslarını Hristiyan olduklarından dolayı yoğun Rumlaştırma politikasına tabi tutmuştur. Fener Rum Patrikhanesi'nin bütün çabalarına rağmen bu insanlar, Kurtuluş Savaşında Mustafa Kemal Paşa'nın yanında yer alırken Fener Rum Patrikhanesi'nin faaliyetleri ve Yunan işgaline de sert tepki göstermişlerdir.