Türk Ortodoksları, Yunan menşeili Rumlardan görüş ve amaç bakımından çok farklıydılar. Papa Eftim önderliğindeki Türk Ortodoksları milli mücadelenin başlangıcından itibaren Müslüman Türklerle birlikte hareket etmişler Fener Rum Patrikhanesi'nin propagandalarına karşı koymuşlardı.