Melikşah ve veziri Nizamülmülk, o çağda Islâm Dünyâsı'nı saran anarşi hareketleriyle de çok sert bir mücadeleye girişmişlerdi. Bir yandan Nizamiye Medreseleri açarak oralarda Sünni İslâm doktrinini öğretip yayıyor, bir yandan fesatçı ve bölücü Bâtınîler'i yakalayıp cezalandırıyorlardı.