Afrika kıtası dışına ikinci göç 85.000 yıl önce oldu. mtDNA haplogrubu L3, düşen deniz seviyesinden yararlanarak 16 km genişliğindeki Bab-el-Mendeb boğazından Yemen’e geçti. Bugün yeryüzündeki Afrikalı olmayan herkesin ortak atası L3’tür. Arap yarımadasında veya Hindistan’da L3'ten ayrılarak oluşan M haplogrubu bütün Güney Asya’ya yayıldı. mtDNA haplogrubu "M” bugün Levant bölgesinde yok denecek kadar azdır. %15 oranında Arap yarımadasının güneyinde, Doğu Afrika’da ise daha az rastlamnaktadır. En yoğun görüldüğü Pakistan ve kuzey batı Hindistan'da bütün mitokondrial genlerin %30 ila 50'sini oluşturmaktadır.