Herakleitos'a göre, geleneksel dinin uygulamaları aptalca ve mantığa aykırıdır, zaman zaman gerçeği gösterseler bile. Herakleitos, Olympos dininin insanbiçimciliği ve putataparlığıyla alay ederken Ksenophanes'i izler. Bununla birlikte, tanrısallık ülküsünü tümüyle yadsımaz ve gizem törenlerinin doğru dürüst kutlandıkları
zaman, değersiz olmadığını söyler. Bu tür törenlerin olumlu rolü olabilir, çünkü dolaylı olarak, insanların Logos'u kavramasını sağlarlar. Herakleitos, Ksenophanes'le uyuşarak Tanrı'nın bir olduğunu söyler. Ama popüler dine karşı yürüttüğü polemik, mitolojik sonuçlarından çok, ayinleri
ve törenlerine karşıdır. Evlere tapınmanın saçmalığı üzerine yorum yapar. Teoloji ve dinle ilgili birkaç Parça, döneminin dinsel canlanmasına pek de sempatiyle bakmadığını göstermektedir.
Bütün bu sürekli akışa karşın, nasıl oluyor da şeyler görece durağan görünüyor? Bu soruya Herakleitos'un yanıtı şöyleydi: Her bir maddenin formu uzun bir dönem içinde aynı kalmasına karşın, özü sürekli olarak değişmektedir. Bu olguya bağlı olarak "ölçüler"e uyulmaktadır. "Hiç sönmeyen ateş"in belirli ölçüleri her zaman tutuşmaktadır ama öte yandan başka ölçüler yok olmaktadır. Bu ölçüleri güneş asla aşamaz. Her şey ateşle, ateş her şeyle değişilir. Bir başka deyişle, ateş, aldığı kadarını verir.