Asıl adı Mehmed Murad’dır. 23 Muharrem 1203’te (24 Ekim 1788) İstanbul’un Çarşamba semtinde doğdu. Aynı semtteki Murad Molla Tekkesi şeyhi Ahıskalı Abdülhalim Efendi’nin oğludur. Tekke ve kütüphaneden oluşan Murad Molla Külliyesi’nin bânisi Rumeli Kazaskeri Damadzâde Mehmed Murad Molla ile aynı ismi taşıması onunla karıştırılmasına sebep olmuştur. Hayatı hakkındaki bilgiler, geniş ölçüde Mâ Hazar adlı eserinin sonunda yer alan hal tercümesiyle Vekāyi‘nâme adlı eserine dayanmaktadır.
Çarşamba’da Mehmed Himmet Efendi’nin mektebinde öğrenim hayatına başladığını, on yaşında hıfzını tamamladıktan sonra iki yıl Gebzeli Ahmed Efendi’nin mektebine devam ettiğini söyleyen Murad Nakşibendî on sekiz yaşına kadar çeşitli hocalardan özel dersler alarak kendini yetiştirdi. Daha sonra Hoca Neşet Efendi’nin talebelerinden Hoca Mehmed Efendi’nin derslerine devam etti. Nakşibendî şeyhi Abdullah Kâşgarî’nin halifesi Sâlih Afîf Efendi’den Fars edebiyatının bazı klasiklerini, yine Hoca Neşet’in talebelerinden Süleyman Vahyî Efendi’den Şevket-i Buhârî divanını ve Mevlânâ Celâleddîn-i Rûmî’nin Mes̱nevî’sini okudu. Kethüdâzâde Ârif Efendi’den de istifade etti. Bu dönemde babasının isteği üzerine, o sırada Gülhane’deki Zeyneb Hatun Camii’nde ikamet eden ve daha sonra Üsküdar Selimiye Tekkesi’ne şeyh olan Ni‘metullah Nakşibendî’ye intisap etti. Aynı yıllarda reîsülkurrâ Şeyh Coşkun (Coşgun) Efendi’den Kur’an ve kıraat ilimlerini tahsil etmeye başladı, onun ölümünün ardından reîsülkurrâ olan Abdullah Efendi’nin derslerine devam etti.
Murad Nakşibendî, babasının ölümünden (1230/1815) sonra onun yerine Murad Molla Tekkesi’nin meşihatına tayin edildi. Bu dönemde de tahsilini sürdürerek 1824 yılında Galata Sarayı kütüphane hocası İmamzâde Mehmed Esad Efendi’den dinî ilimler, Benlizâde Ahmed Efendi’den kıraat icâzeti aldı. Hal tercümesini yazdığı 1833 yılında tekkede Mes̱nevî, Şifâʾ-i Şerîf, Şevket ve Sâib-i Tebrîzî divanlarını ve diğer eserleri okuttuğunu, kıraat, aruz ve fıkıh dersleri verdiğini söyleyen Murad Nakşibendî 1844’te tekkenin yanında bir dârülmesnevî inşa ettirdi. Dârülmesnevî 18 Ocak 1845’te Sultan Abdülmecid’in katıldığı bir törenle açıldı.
XIX. yüzyılda Nakşibendî-Mevlevî yakınlaşmasını temsil eden önemli Nakşibendî şeyhlerinden ve dönemin ünlü mesnevîhanlarından olan Mehmed Murad Efendi, tekke şeyhliğinin yanı sıra Sultan Ahmed Camii cuma vâizliği görevini de uzun yıllar sürdürdü. 27 Şevval 1264 (26 Eylül 1848) tarihinde vefat etti ve tekkesinin hazîresine defnedildi. Cevdet Paşa, Murad Molla Tekkesi’ni her türlü ilmin okutulduğu bir dârülfünuna benzetir ve Şeyh Murad Efendi’nin haftanın belli günlerinde Mes̱nevî, diğer günlerde çeşitli ilimlere dair dersler okuttuğunu, her kesimden insanın tekkeye geldiğini, kendisinin de zaman zaman oraya gittiğini, birçok müridi olan şeyhin istidatlı yüksek bir kişi kendisine intisap etmek istediğinde, “Bu bizim işimiz değildir” diyerek Kuşadalı İbrâhim Efendi’ye gönderecek kadar mütevazi olduğunu kaydeder.