Tüm kariyeri boyunca İngilizler, Ruslar ve İspanyolların aksine, tutuklulara iyi davranılmasını emretmiştir (Mısır hariç). Taarruzun ortasındayken 1809 savaşını daha fazla kan akmasını engellemek için bitirdiğini de inkar edemeyiz.
Ulus'un tek temsilcisi ilan etti; kutsama töreni ve sonrasıyla kutsal haklardan kaynaklanan bir çeşit (yanlış) meşruiyet oluşturmaya çalıştı; açıkça ve sürekli yaptığı tarihsel göndermelerle kendini Charlemagne'ın varisi olarak gösterdi.
Böylece, meşruiyetini her şekilde tamamladığına inandı diyebiliriz.
Anayasal" darbe, 1802 yılının ilkba harında gerçekleşti. Meclislerin kısmi yenilenmesi bahanesi altında, başlıca muhalifler evlerine geri gönderildi. Legion d'honneur hakkındaki kanunun kabul edilmesi sırasında yasa koyucuların ve mahkemelerin küçük bir hamlesini saymazsak galip olan yürütme kuvvetiyle silahları elinden alınmış olan
1800 yılı Ağustos ayında, Devlet Konseyi'nde Bonaparte rengini belli ediyordu: "Benim politikam, insanları çoğunluğun olması istediği gibi yönetmektir. Halkın egemenliğini tanımanın da bu noktada başladığını düşünüyorum. Vendee savaşını Katolik olarak bitirdim, Mısır'a Müslüman olarak yerleştim, İtalya'da papalık yanlısı olarak herkesi kazandım. Eğer Yahudi bir halkı yönetseydim Süleyman'ın Tapınağını yeniden kurardım." Eski dini eskiden olduğu gibi "canlandırmayacaktı".
Mali, yönetimle ilgili ya da askeri olarak tartışılmaz başarılarına karşın anayasal ve siyasi planda Direktuvar başarısız bir rejimdi. III. yılın anayasası, güçlerin mutlak ayrılığı ya da işbirliğiarasında kesin bir karara varmadan, aralarında bir denge bulunmayan, çünkü güç kullanmadan kimin diğerinin üstü olduğunun belli olmadığı kurumlar doğurmuştu. Yasama organlarındaki her seçim bir temizliğe yol açmıştı -sağda "yeni-jakobenlere" karşı saldırı, solda "muhafazakarlara" karşı saldırı-, mutlak eşitlik doktrini (babuvizm) ya da Maliye'nin if l ası, kurucuları taraf ı ndan "ılımlı" olması iste nen bir Cumhuriyet'i sarsmıştı.
Direktuvar ondan İngiltere akınını hazırlamasını istedi. Oysa o, bunun imkansız olduğunu düşünüyordu. O sırada Talleyrand da, Eski Rejim sırasında da gündeme gelmiş eski bir projeyi ortaya çıkardı: "Kalleş Albion"u yenmek için, onun ticaretini mahvetmek, yani Hindistan yollarını kesmek gerekiyordu; Hindistan yollarını kesmek içinse Mısır' ı ele geçirmek lazımdı. 1797 yılının Ağustos ayında, Milana'da Bonaparte yöneticilere çoktan yazmıştı: "İngiltere'yi gerçekten yıkmak için Mısır' ı ele geçirmemiz gerektiğini anlayacağımız zaman uzak değil." Bakan ve general ellerinden gelen çabayı gösterdiler ve hükümet de, hep söylendiği gibi Bonaparte'tan kurtulmak için değil (yöneticiler, tek bir insanı uzaklaştırmak için bu kadar önemli bir donanınayı ve binlerce insanı feda edecek kadar sorumsuz değillerdi), projenin gerçekleşmesi mümkün olduğu için kendisini ikna etmelerine izin verdi. Sefer hazırlıklan 5 Mart 1798' de ba§ladı.