1842'de eşi Caroline'den ayrılıp, 1845 yılından itibaren kötü ahlakıyla bilinen Clotilde de Vaux ile beraber olmaya başlayan Comte, onun bir yıl sonra ölmesi üzerine o kadının hatıralarını yaşatmayı bir ibadet saymıştır. Oluşturduğu “İnsanlık dini"nde "kadına tapınmayı" önemli bir ayin haline getiren Comte, ömrünün kalan senelerinde günde üç defa Clotilde’nin hatıralarıni anar, sabahları onun oturduğu koltuğun önünde diz çöker ve kırk dakika o kadının hatıralarını canlandırarak ibadet ettiğine inanırdı. Bu şekilde kadına tapınarak ölen Comte, pozitif ilimlerin tümünden çıkarılan özellikle ilahiyat ve metafizik felsefeye yer verilmeyen ve Pozitivizm adı verilen düşünce sisteminin geliştirmesine ön ayak olmuştur."
Hayatına fikirlerine bakıldığında hak etmediği bir şöhrete sahip olduğu görülen Comte'un, ömrünün bir kısmını ruhî buhran ve huzursuzluk içerisinde geçirip, ciddi manada sıkıntıları olduğu halde tedavi edileceği yerde düşünce tarihinin başköşesine oturtulması dikkat çekicidir.