Zamanın dervişlerinden Laleli Baba'nın adını alan bu caminin ilginç bir hikayesi vardır. III. Mustafa bir gün, Laleli Baba'yı çağırır ve sorar: "Hayatta en önemli şey nedir?" Laleli Baba: "Yiyip içtikten sonra tuvalete gidebilmektir." der. Sultan bu cevabı beğenmez. Aradan zaman geçer. Sultan bir hastalığa yakalanır. Yer, içer, ama tuvalete gidemez. Bunun üzerine Laleli Baba'yı çağırır ve ondan dua etmesini ister. Laleli Baba dua edince, sultanın hastalığı geçer. Sultan, Laleli Baba'ya "dile benden ne dilersen!" der.
Laleli Baba, yaptırdığı caminin yanına bir de tuvalet yaptırmasını diler. Sultan bu dileği yerine getirir. Böylece Laleli Camii, yanında tuvaleti olan ilk cami olarak tarihe geçer. Ama garip olan şudur ki bu camiyi Sultan III. Mustafa yaptırmasına rağmen halk arasında, Laleli Baba'nın adıyla anılır. Kimse oraya III. Mustafa Camii demez, herkes Laleli Camii der. Sultan Mustafa, 1764 yılında kurduğu bir vakıfla hem caminin hem de yanındaki tuvaletin temizlik ve bakım masraflarının gelirlerini belirler.