Kennedy çeşitli önlemler alarak Küba' da Sovyet füzelerini kabul etmeyeceğini gösterdi: Kongre' den yedekleri askere çağırma yetkisi istedi ve ardından, 16 Ekim' de Küba'yı etkin bir ablukaya alarak "karantina" ilan etti.
Kennedy, Amerikan savaş gemilerinin Küba'ya giden teknelerde arama yapacağını ve Küba limanlarına silah sevk edilmesine izin vermeyeceğini açıkça belirtti.
Ayrıca Küba topraklarındaki nükleer silahlar derhal geri çekilmediği takdirde ABD'nin askeri müdahalede bulunacağını öne sürdü.
Sovyetler yönetiminin Kennedy'nin tehditlerine ilk tepkisi kaygı vericiydi: Ülkeyi askeri alarma geçirdi ve bir kaç gün içinde nükleer savaş gerçek bir olasılık olarak göründü.
25 Ekim'de Kruşçev, Kennedy'ye ABD'nin Küba'yı işgal etmeme vaadi karşılığında füzeleri çekeceğini söyleyerek geri adım attı. Bu kez bütün amacının ABD'nin Küba'yı işgal etmesini önlemek olduğunu söylüyordu.
Savaş önlenmişti fakat bütün bu macera Kruşçev için politik bir felaket oldu. Onun dengesiz tavırlarından bir süredir yakınan ülke içindeki muhaliflere göre, bu Küba macerası onun "kuş beyinli tasarıları"nın bir başka örneğiydi.
