Askerlerin bir çoğu öldü, sağ kalıp kaçmayı başaranlardan bazıları aklını oynatıp bazıları da oburlardan olunca Fatih ve Akşemseddin durumu anlayıp tedbir almaya karar verdiler.
Muhasara esnasında padişaha en çok destek olanlardan birisi de Akşemseddin Hazretleri'dir. Bununla birlikte hocası Molla Güranî, Molla Hüsrev, pek çok şeyh ve derviş gerek cephede ve gerekse dualarla destek oldular.
Fatih'e İstanbul'un fethinde o kadar yardım ettikten sonra çekilip köyüne gidecek kadar vakar ve haysiyet sahibi olan, mektuplarında ona sahip olduğu manevî rütbeden bir akran gibi hitap eden, nasihatler veren, "Eğer padişaha huzûr-i sûrîmiz matlup ise biz anda varırız veya padişahla diyar-ı Arab i beraberce feth ederüz." diye ufuk gösteren Akşemseddin'in şeyhinin köpekleriyle bir sofraya Hacı Bayram Velinin oturması ancak XV. asır Türkiye'sinde görülür.
Hastalıkların bulaşma nedeni olan mikrobu bulan kişi, aslında Pasteur'den 400 yıl önce, henüz mikroskobun dahi icat edilmediği bir çağda, yani 15. yüzyılda yaşamış olan, din alimi ve tıp bilgini Akşemseddin'dir