Akşemseddin'in ilmi, sadece tıp konusunda değildi. İstanbul'un fethi için yapılan hazırlıkların her safhasında yer aldı. Hem askeri yönden hem de manevi yönden, tam bir hazırlık yaptı. Yaptırmakta olduğu Rumeli Hisarı burçlarını, "Muhammed" yazacak şekilde inşa ettirdi.