Papa Eftim iddia edildiği gibi her dönem Türk hükümetlerinin desteğini almış değildir. Atatürk ve Alparslan Türkeş haricindeki devlet adamlarından yeterli desteği görememiştir. Kiliseleri ve Balıklı Rum Hastanesi elinden alınarak Fener Rum Patrikhanesi'ne verilmiştir. Türk Ortodoksları için özel mezarlık talebi reddedilmiştir. Adnan Menderes döneminde Hizmeti Vataniye Kanunu uyarınca Atatürk tarafından bağlanan maaşı bile kesilmiştir.