Sirkadiyen ritmin bozulması bağırsak mikrobiyotasını önemli ölçüde olumsuz etkiler. Çünkü uyku yoksunluğu, aynı zamanda, faydalı bakterilerde azalma ve potansiyel olarak zararlı bakterilerde artışa neden olur. Bağırsak mikrobiyotamızdaki dengesizlikler obstrüktif uyku apnesi gibi bozukluklara neden olurken bu tablo bazı kişilerde kalp veya tansiyon gibi sorunların ortaya çıkmasını tetikler