Mikroorganizmalar ekosistemdeki bitki, insan ve hayvanların atıklarını parçalayarak, üretici bitkilerin bunları tekrar kullanmasını sağlar. Mikroorganizmalar yeryüzüne, havaya ve suya bırakılan atıkları temizler; toprağın verimini sağlar; lavabo ve tuvaletlerde kireç ve organik kirlerin oluşmasını önler; bağırsaklarımızda vitamin, enzim ve protein üretir; cilt, saç, kıl, tırnak ve ağız dokularının sağlığını korur.
Ekolojik dengeyi sağlayan her bir çeşit mikroorganizmanın görevi o ka dar farklı, net ve incedir ki, insanlar bunları asla başaramaz. Mikroorganizmalar aniden yok olsa, bütün yeryüzü kalın bir çöp tabakasıyla kaplanır; dünyadaki canlılık bazı bilimadamlarına göre 1,5 saat, bazılarına göre daha kısa sürede sona ererdi.