Çiçek virüsü havadan yayılır, solunum yoluyla vücuda girer ve lenf bezlerinde çoğalır. Sonra kan akışına nüfuz ederek önemli organların hepsini hedef alır. Buralarda iki hafta boyunca çoğalır, sonra binlerce virüs kana karışınca da hastalığın ilk belirtileri ortaya çıkar.